La storia della Chiesa di San Clemente è intrisa di significato e ha assistito a eventi notevoli nel corso dei secoli. L'isola stessa fu insediata nel 1131, grazie al patrocinio del mercante veneziano Pietro Gattilesso. Egli finanziò la costruzione della Chiesa di San Clemente, insieme a un ospizio per pellegrini e soldati diretti verso la Terra Santa durante le Crociate.
Il nome della chiesa rende omaggio a Papa Clemente I, martire e patrono dei marinai. Le sue facciate portano incisioni di soldati, una caratteristica insolita per una struttura religiosa, che testimoniano gli eventi significativi che si sono svolti nella storia di Venezia.
Un evento particolare raffigurato sulle porte è la Battaglia Navale di Lepanto, che ebbe luogo il 7 ottobre 1571. La battaglia vide la Repubblica di Venezia guidare una coalizione di stati cristiani contro l'Impero Ottomano, risultando in una vittoria decisiva per la Lega Santa. Questa battaglia monumentale segnò una svolta nella storia europea e portò al declino del potere navale ottomano nel Mediterraneo.
Nel 1643, i veneziani, come atto di gratitudine per essere sopravvissuti a una devastante epidemia di peste nel 1630, finanziarono la costruzione di una nuova cappella all'interno della Chiesa di San Clemente. Questa cappella, ispirata alla Santa Casa di Loreto, è conosciuta come "chiesa nella chiesa" e rimane una caratteristica prominente del design architettonico.
Nel corso della sua esistenza, la Chiesa di San Clemente ha affrontato diverse sfide. La caduta della Repubblica di Venezia nel 1797 e la successiva soppressione degli ordini religiosi da parte di Napoleone nel 1810 portarono alla partenza dei monaci Camaldolesi, trasformando l'isola in una guarnigione militare. In seguito, l'isola ha svolto la funzione di ospedale e diverse altre strutture fino a sperimentare una crisi economica. La proprietà è passata a una banca prima di essere acquisita da una società alberghiera, che ha gestito con successo l'isola per tre anni. Infine, il rinomato gruppo Kempinski ha preso in gestione, trasformando San Clemente Palace in un prestigioso hotel e resort.
Nel corso degli anni, San Clemente Palace Kempinski Venice ha ricevuto numerosi riconoscimenti, tra cui il titolo di Miglior Hotel per Matrimoni nel 2017 ai World Tourism Awards, Miglior Hotel a Venezia nel 2018 secondo la scelta dei lettori di Condé Nast, e Miglior Resort per Matrimoni nel 2019 ai World Travel Awards. È stato anche raccomandato da Forbes Travel Guide e riconosciuto come Miglior Hotel Ecologico a Venezia nel 2022 da TraveMyth. Inoltre, detiene la distinzione di essere stato nominato Miglior Hotel Storico d'Europa per il 2022 da Best Historic Hotels of the World.
La Chiesa di San Clemente si erge come un testamento alla storia di Venezia, alla sua grandiosità architettonica e alla sua rilevanza culturale, rendendola una meta preziosa per i visitatori di tutto il mondo.